Trong hoạt động xuất nhập khẩu, việc chuẩn bị đầy đủ hồ sơ miễn thuế xuất nhập khẩu giúp doanh nghiệp thực hiện thủ tục hải quan thuận lợi và áp dụng chính sách miễn thuế đúng quy định. Tùy thuộc vào loại hàng hóa, mục đích nhập khẩu và trường hợp được miễn thuế, người khai hải quan cần chuẩn bị các chứng từ tương ứng.
Vậy hồ sơ miễn thuế xuất nhập khẩu gồm những gì? Công ty TNHH Đại lý Hải quan Đông Phương tổng hợp các quy định và chứng từ cần lưu ý theo khoản 4 Điều 16 Thông tư 38/2015/TT-BTC, được sửa đổi, bổ sung bởi Thông tư 121/2025/TT-BTC.
1. Hồ sơ miễn thuế xuất nhập khẩu là gì?
Hồ sơ miễn thuế xuất nhập khẩu là tập hợp các chứng từ mà người khai hải quan cần nộp theo quy định để làm thủ tục đối với hàng hóa thuộc trường hợp được miễn thuế xuất khẩu hoặc thuế nhập khẩu.
Theo khoản 4 Điều 16 Thông tư 38/2015/TT-BTC, được sửa đổi bởi khoản 4 Điều 1 Thông tư 121/2025/TT-BTC, ngoài các chứng từ thuộc hồ sơ hải quan thông thường đối với hàng xuất khẩu hoặc nhập khẩu, người khai hải quan phải nộp thêm giấy tờ tương ứng với từng trường hợp miễn thuế.
Do đó, doanh nghiệp cần xác định chính xác loại hàng hóa và căn cứ miễn thuế trước khi chuẩn bị hồ sơ miễn thuế xuất nhập khẩu.
2. Hồ sơ miễn thuế xuất nhập khẩu gồm những gì?
Tùy từng trường hợp, hồ sơ bổ sung để áp dụng chính sách miễn thuế có thể bao gồm các chứng từ sau:
2.1. Hàng hóa của tổ chức, cá nhân nước ngoài được hưởng quyền ưu đãi, miễn trừ
Hồ sơ miễn thuế xuất nhập khẩu có thể bao gồm:
- Sổ định mức miễn thuế.
- Giấy tờ chứng minh đã hoàn thành việc tái xuất khẩu, tiêu hủy hoặc chuyển nhượng.
- Văn bản xác nhận của Bộ Ngoại giao đối với trường hợp nhập khẩu hàng hóa.
- Quyết định miễn thuế của Thủ tướng Chính phủ đối với trường hợp quy định tại khoản 4 Điều 5 Nghị định 134/2016/NĐ-CP.
2.2. Miễn thuế đối với tài sản di chuyển
Tùy từng đối tượng, người khai hải quan cần chuẩn bị các giấy tờ tương ứng, gồm:
- Giấy phép lao động hoặc văn bản có giá trị tương đương đối với người nước ngoài, người Việt Nam định cư ở nước ngoài đến công tác, làm việc tại Việt Nam từ 12 tháng trở lên.
- Văn bản chứng minh việc chấm dứt hoạt động hoặc chấm dứt thời hạn lao động ở nước ngoài đối với tổ chức, công dân Việt Nam thuộc trường hợp quy định.
- Hộ chiếu hoặc giấy tờ thay hộ chiếu còn giá trị đối với người Việt Nam định cư ở nước ngoài đã đăng ký thường trú tại Việt Nam.
- Quyết định của Bộ trưởng Bộ Tài chính về việc miễn thuế đối với tài sản di chuyển vượt định mức miễn thuế.
- Thẻ căn cước công dân hoặc giấy tờ xác nhận thông tin cư trú, số định danh cá nhân theo quy định.
2.3. Miễn thuế xuất nhập khẩu đối với quà biếu, quà tặng
Tùy đối tượng nhận quà và mục đích tiếp nhận, hồ sơ có thể bao gồm:
- Văn bản thỏa thuận biếu tặng trong trường hợp người nhận quà là tổ chức.
- Văn bản của cơ quan chủ quản cấp trên cho phép tiếp nhận hàng hóa miễn thuế để sử dụng, hoặc văn bản chứng minh tổ chức được ngân sách nhà nước bảo đảm kinh phí hoạt động, đối với trường hợp tương ứng.
- Văn bản của Chủ tịch UBND tỉnh, thành phố hoặc bộ, ngành chủ quản đối với quà biếu, quà tặng vì mục đích nhân đạo, từ thiện.
2.4. Miễn thuế xuất nhập khẩu đối với hàng hóa mua bán, trao đổi của cư dân biên giới
Người khai hải quan cung cấp thông tin về số định danh cá nhân hoặc xuất trình giấy thông hành biên giới, thẻ căn cước công dân theo quy định.
2.5. Hàng hóa nhập khẩu để gia công, sản xuất hàng hóa xuất khẩu
Đối với trường hợp xuất khẩu tại chỗ thuộc quy định, hồ sơ bổ sung bao gồm:
- Văn bản chỉ định giao hàng hóa tại Việt Nam của tổ chức, cá nhân nước ngoài.
- Thông báo hoàn thành thủ tục hải quan nhập khẩu tại chỗ theo Mẫu số 22 Phụ lục VII ban hành kèm theo Nghị định 134/2016/NĐ-CP, được sửa đổi, bổ sung bởi Nghị định 18/2021/NĐ-CP.
Doanh nghiệp cần đối chiếu đúng loại hình và trường hợp thực tế để xác định chứng từ phải nộp để làm hồ sơ miễn thuế xuất nhập khẩu.
2.6. Hàng hóa tạm nhập, tái xuất hoặc tạm xuất, tái nhập trong thời hạn nhất định
Đối với hàng hóa kinh doanh tạm nhập, tái xuất thuộc trường hợp quy định, hồ sơ có thể cần:
- Thư bảo lãnh của tổ chức tín dụng; hoặc
- Giấy nộp tiền đặt cọc vào tài khoản tiền gửi của cơ quan hải quan tại Kho bạc Nhà nước.
Việc áp dụng chứng từ cụ thể phụ thuộc vào trường hợp miễn thuế và quy định liên quan.
2.7. Hàng hóa nhập khẩu phục vụ trực tiếp cho an ninh, quốc phòng
Người khai hải quan cần chuẩn bị giấy phép nhập khẩu của Bộ Công an hoặc Bộ Quốc phòng theo quy định tại khoản 3 Điều 8 Nghị định 69/2018/NĐ-CP.
2.8. Hàng hóa xuất khẩu, nhập khẩu để bảo vệ môi trường
Đối với hàng hóa thuộc trường hợp miễn thuế để bảo vệ môi trường, hồ sơ khác nhau tùy hàng xuất khẩu hay nhập khẩu.
Đối với hàng hóa xuất khẩu, chứng từ có thể bao gồm:
- Bảng kê khai thông tin, nội dung miễn thuế xuất khẩu đối với sản phẩm được sản xuất từ hoạt động tái chế, xử lý chất thải.
- Giấy phép môi trường hoặc giấy phép môi trường thành phần.
- Hợp đồng hoặc tài liệu chứng minh điều kiện bảo đảm chất lượng hàng hóa xuất khẩu.
- Giấy chứng nhận đăng ký đầu tư, quyết định chấp thuận chủ trương đầu tư, giấy đăng ký doanh nghiệp hoặc giấy tờ có giá trị pháp lý tương đương, tùy trường hợp.
Đối với hàng hóa nhập khẩu, hồ sơ có thể bao gồm:
- Bảng kê khai thông tin, nội dung miễn thuế nhập khẩu đối với máy móc, thiết bị, phương tiện, dụng cụ, vật tư chuyên dùng cho công trình xử lý chất thải, bảo vệ môi trường.
- Giấy chứng nhận đăng ký đầu tư hoặc quyết định chấp thuận chủ trương đầu tư, giấy đăng ký doanh nghiệp hoặc giấy tờ tương đương.
- Báo cáo nghiên cứu khả thi hoặc tài liệu tương đương đã được cấp có thẩm quyền phê duyệt, trong đó có danh mục hàng hóa chuyên dùng liên quan.
- Giấy phép môi trường, giấy phép môi trường thành phần hoặc quyết định phê duyệt kết quả thẩm định báo cáo đánh giá tác động môi trường trong trường hợp được quy định.
- Hợp đồng hoặc chứng từ mua bán hàng hóa phục vụ triển khai dự án, cơ sở thuộc trường hợp tương ứng.
- Thông tin, số liệu về hàng hóa đề nghị miễn thuế không thuộc danh mục hàng hóa trong nước đã sản xuất được do Bộ Tài chính ban hành.
2.9. Hàng hóa phục vụ hoạt động in, đúc tiền
Hồ sơ gồm văn bản của Ngân hàng Nhà nước cho phép tổ chức nhập khẩu máy móc, thiết bị, nguyên liệu, vật tư, linh kiện, bộ phận hoặc phụ tùng phục vụ hoạt động in, đúc tiền.
2.10. Hàng hóa phục vụ cứu trợ khẩn cấp
Đối với hàng hóa xuất khẩu, nhập khẩu trực tiếp phục vụ yêu cầu cứu trợ khẩn cấp khi xảy ra thiên tai, thảm họa, dịch bệnh, hồ sơ có thể bao gồm:
- Văn bản xác nhận của UBND cấp tỉnh, thành phố hoặc bộ, cơ quan cấp tương đương về việc nhập khẩu hàng hóa phục vụ cứu trợ khẩn cấp, nêu rõ tình hình thiệt hại.
- Danh mục hàng hóa nhập khẩu trực tiếp phục vụ cứu trợ khẩn cấp.
- Quyết định công bố dịch bệnh của cấp có thẩm quyền đối với trường hợp nhập khẩu hàng hóa để khắc phục dịch bệnh.
2.11. Hàng hóa xuất khẩu là da trăn có nguồn gốc từ gây nuôi sinh sản
Trường hợp xuất khẩu da trăn thuộc diện quy định, hồ sơ bổ sung gồm:
- Giấy chứng nhận đăng ký trại nuôi sinh sản động vật hoang dã do cơ quan có thẩm quyền cấp.
- Giấy xác nhận số lượng trăn được giết mổ có nguồn gốc từ gây nuôi sinh sản, do cơ quan Kiểm lâm xác nhận mỗi lần làm thủ tục xuất khẩu.
2.12. Các chứng từ bổ sung khác tùy trường hợp miễn thuế
Ngoài những giấy tờ nêu trên, người khai hải quan có thể phải nộp thêm một trong các chứng từ sau, tùy trường hợp cụ thể:
- Hợp đồng ủy thác xuất khẩu, nhập khẩu hàng hóa.
- Hợp đồng cung cấp hàng hóa theo văn bản trúng thầu hoặc chỉ định thầu, trong đó ghi rõ giá cung cấp không bao gồm thuế nhập khẩu.
- Hợp đồng cung cấp hàng hóa cho tổ chức, cá nhân hoạt động dầu khí, ghi rõ giá cung cấp không bao gồm thuế nhập khẩu.
- Hợp đồng cho thuê tài chính đối với hàng hóa cung cấp cho đối tượng được hưởng ưu đãi miễn thuế, có nội dung về giá cung cấp không bao gồm thuế nhập khẩu.
- Chứng từ chuyển nhượng hàng hóa thuộc đối tượng miễn thuế cho đối tượng miễn thuế khác, ghi rõ giá chuyển nhượng không bao gồm thuế nhập khẩu.
- Văn bản xác nhận của Bộ Khoa học và Công nghệ đối với các phương tiện vận tải thuộc trường hợp quy định.
- Quyết định miễn thuế của Thủ tướng Chính phủ đối với các trường hợp được quy định tại Nghị định 134/2016/NĐ-CP và các văn bản sửa đổi, bổ sung có liên quan.
Lưu ý: Danh sách trên được tổng hợp theo các trường hợp quy định tại khoản 4 Điều 16 Thông tư 38/2015/TT-BTC đã được sửa đổi, bổ sung. Doanh nghiệp không mặc nhiên phải nộp toàn bộ chứng từ nêu trên mà cần xác định đúng trường hợp miễn thuế của lô hàng.
3. Căn cứ pháp lý về hồ sơ miễn thuế xuất nhập khẩu
Khi chuẩn bị hồ sơ miễn thuế xuất nhập khẩu, doanh nghiệp cần đối chiếu các văn bản pháp luật liên quan, gồm:
- Thông tư 38/2015/TT-BTC quy định về thủ tục hải quan, kiểm tra, giám sát hải quan, thuế xuất khẩu, thuế nhập khẩu và quản lý thuế đối với hàng hóa xuất khẩu, nhập khẩu.
- Thông tư 121/2025/TT-BTC sửa đổi, bổ sung một số quy định liên quan, trong đó có khoản 4 Điều 1 sửa đổi Điều 16 về hồ sơ hải quan.
- Nghị định 134/2016/NĐ-CP quy định chi tiết một số điều và biện pháp thi hành Luật Thuế xuất khẩu, thuế nhập khẩu, cùng các văn bản sửa đổi, bổ sung có liên quan.
Do quy định về miễn thuế được áp dụng theo từng nhóm hàng hóa và mục đích sử dụng, doanh nghiệp nên kiểm tra căn cứ pháp lý tương ứng trước khi thực hiện thủ tục.
4. Những lưu ý khi chuẩn bị hồ sơ miễn thuế xuất nhập khẩu
Để hạn chế việc bổ sung, chỉnh sửa hồ sơ trong quá trình làm thủ tục hải quan, doanh nghiệp nên lưu ý:
- Xác định đúng trường hợp miễn thuế: Đối chiếu loại hàng hóa, mục đích nhập khẩu hoặc xuất khẩu và điều kiện được hưởng chính sách miễn thuế.
- Chuẩn bị đủ chứng từ theo từng trường hợp: Không sử dụng một bộ hồ sơ chung cho tất cả hàng hóa miễn thuế.
- Kiểm tra tính thống nhất của chứng từ: Thông tin về hàng hóa, chủ thể, hợp đồng và mục đích sử dụng cần phù hợp với hồ sơ khai báo.
- Rà soát quy định hiện hành: Đối chiếu các văn bản sửa đổi, bổ sung và yêu cầu chuyên ngành có liên quan.
- Lưu giữ hồ sơ: Bảo quản chứng từ phục vụ việc kiểm tra, đối chiếu và chứng minh điều kiện miễn thuế khi cần thiết.
5. Dịch vụ hỗ trợ thủ tục hải quan tại Đông Phương
Công ty TNHH Đại lý Hải quan Đông Phương cung cấp dịch vụ khai báo hải quan, hỗ trợ chuẩn bị chứng từ, xin giấy phép và ủy thác xuất nhập khẩu. Với từng lô hàng cụ thể, doanh nghiệp có thể được hỗ trợ rà soát hồ sơ, xác định các chứng từ cần thiết và thực hiện thủ tục theo quy định áp dụng.
Thông tin liên hệ:
- Hotline: 0932.220.339
- Email: tony@dongphuong.vn
- Website: https://dongphuong.vn/
6. Câu hỏi thường gặp về hồ sơ miễn thuế xuất nhập khẩu
Hồ sơ miễn thuế xuất nhập khẩu có giống hồ sơ hải quan thông thường không?
Không hoàn toàn giống nhau. Ngoài chứng từ thuộc hồ sơ hải quan thông thường đối với hàng xuất khẩu hoặc nhập khẩu, người khai hải quan phải nộp thêm chứng từ tương ứng với trường hợp miễn thuế.
Tất cả hàng hóa được miễn thuế có phải nộp cùng một loại giấy tờ không?
Không. Thành phần hồ sơ phụ thuộc vào nhóm hàng hóa, mục đích sử dụng và trường hợp miễn thuế cụ thể. Doanh nghiệp cần đối chiếu quy định tương ứng để xác định chứng từ cần nộp.
Doanh nghiệp cần căn cứ vào văn bản nào để chuẩn bị hồ sơ?
Doanh nghiệp có thể đối chiếu khoản 4 Điều 16 Thông tư 38/2015/TT-BTC được sửa đổi bởi khoản 4 Điều 1 Thông tư 121/2025/TT-BTC, đồng thời kiểm tra nghị định và quy định chuyên ngành áp dụng cho từng trường hợp.
Kết luận
Hồ sơ miễn thuế xuất nhập khẩu bao gồm hồ sơ hải quan thông thường và các chứng từ bổ sung theo từng trường hợp được miễn thuế. Việc xác định đúng căn cứ miễn thuế, chuẩn bị đủ giấy tờ và kiểm tra quy định hiện hành sẽ giúp doanh nghiệp chủ động hơn khi thực hiện thủ tục.
Nếu cần hỗ trợ rà soát chứng từ và khai báo hải quan, doanh nghiệp có thể liên hệ Công ty TNHH Đại lý Hải quan Đông Phương qua hotline 0932.220.339 hoặc truy cập https://dongphuong.vn/ để được tư vấn.
